Para algunos, es un juez incorruptible y brillante. Para otros, un hombre con intereses que negocia con el poder. Daniel Eduardo Rafecas se recibió de abogado en la UBA en 1990. Luego hizo la especialidad en Derecho Penal y sacó 10 de promedio. Obtuvo su doctorado en Derecho Penal en 2009 con la tesis “Tortura y otras prácticas ilegales a detenidos”. Desde 1987 trabaja en la Justicia y desde 2004 es titular del Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional número 3, cargo al que llegó por concurso público de oposición y antecedentes. Desde 2003 es Profesor Adjunto de Derecho Penal (UBA). Entre 2006 y 2008 dictó el curso sobre Violaciones masivas de derechos humanos durante el Holocausto.
Los comentarios de quienes suelen recorrer los pasillos de Comodoro Py, destacan la belleza del personal femenino que trabaja en el juzgado de Rafecas.Hincha de San Lorenzo y de formación religiosa, de sus 44 años, casi la mitad los pasó en Tribunales, donde comenzó a trabajar en 1987, y tras pasar por todos los cargos judiciales llegó a juez por concurso público y el ex presidente Néstor Kichner lo nombró el 14 de octubre de 2004 al frente del juzgado federal 3, que había estado ocupado por Carlos Liporaci, quien renunció luego de ser suspendido por el Consejo de la Magistratura, que lo investigaba por supuestas anomalías. “De los sobrevivientes del Holocausto he aprendido mucho”, suele decir. Es un especialista del Holocausto.
El juez al que el vicepresidente Amado Boudou acusó de tener en su tribunal "una agencia de noticias", llegó al edificio judicial de Comodoro Py 2002 durante una renovación del fuero durante los primeros años del Gobierno de Kirchner, que reemplazó a alguno de los magistrados federales que comulgaban con el menemismo.
Siempre se especializó en la temática de delitos de lesa humanidad y especialmente en el Holocausto durante la Segunda Guerra Mundial, lo que valió elogios y reconocimientos de la comunidad judía. En 2005 llegó a condenar a tres "skinheads" -que agredieron a un adolescente judío a tomar una clase sobre racismo que les dio personalmente en la Fundación Memoria del Holocausto.
La causa de mayor trascendencia que tuvo Rafecas fue la del pago de sobornos a senadores, por parte del Gobierno de De la Rúa, para aprobar la reforma laboral en 2000, expediente que ya se tramitaba cuando asumió como juez.
Pero Rafecas procesó al ex presidente, a su jefe de la SIDE, Fernando de Santibañes; al "arrepentido" Mario Pontaquarto y a senadores peronistas y de la UCR y los mandó a juicio oral.
También tuvo a su cargo la investigación por los crímenes de lesa humanidad cometidos en el Primer Cuerpo del Ejército en esta ciudad, en la que procesó al dictador Jorge Rafael Videla.
En la actualidad Rafecas no sólo investiga, junto al fiscal Carlos Rívolo, a Boudou por la causa de la ex Ciccone, sino que también tramita una denuncia por violación de mails que presentó el vicepresidente sobre su correo personal. Además investiga si en la venta de la empresa Papel Prensa se cometieron delitos de lesa humanidad y en diciembre pasado procesó al entonces jefe de la Armada, Jorge Godoy, por espionaje desde esa fuerza a funcionarios del Gobierno. Rafecas también tuvo a su cargo causas contra Kirchner y funcionarios de su Gobierno.
Al ex presidente lo sobreseyó en una denuncia por presunta intimidación, por haber dicho durante el conflicto con el campo por la resolución 125 que esas manifestaciones buscaban echar a la mandataria Cristina Fernández de Kirchner. Ahora que desestimó la denuncia de Nisman contra la presidenta, se escuchan voces a favor y en contra. Para Lilita Carrió, “Rafecas negoció con el Gobierno no investigar a Cristina”.